目前临床应用广泛的HPV检测方法主要为病毒基因组的DNA检测，该类检测方法很多，主要分为HPV分型检测及不分型检测。目前，也有HPV不分型基础上的部分分型检测，主要检测12个高危型及2个疑似高危型66和68，其中16、18型为分型检测，而其他为不分型检测。

分型检测的优点是可以鉴定感染的HPV具体型别，可以鉴定多型别的混合感染。分型检测在临床上可用于判断是否为同一型别HPV的持续感染或再感染。

不分型的HPV检测可以鉴定是否为高危型HPV的感染，而不能鉴定具体的型别，临床上可以用于宫颈SIL及宫颈癌的筛查，不能判断某HPV型别的持续感染或再感染。

其他的HPV检测方法有细胞学检查挖空细胞、免疫组化检测HPV抗原、HPV抗体检测，但由于敏感性低、特异性差而临床较少应用。